菲律宾雅典耀大学最早起源于1859年，初期只开放于西班牙殖民者的后代，后又开放给当地的菲律宾人就读。1965年新增加一个科系ART(人文科系)，后更名为Ateneo Municipal de Manila，有教授音乐及艺术等，增加一些专业技术之课程，例如:农业、商业等。

19世纪初，美国政权给Ateneo带来了一些改变。1921年，美国纽约之耶稣教会取代了西班牙耶稣教会在Ateneo的主导权。1932年，校址迁移至Padre Faura. Ermita。1952年，由于海外基金之援助，Ateneo迁移至现今的校园(Loyola Heights. Quezon City)。

1959年，获得颁发大学学位资格，而今Ateneo大学不断扩大为包括文科学学院、商学研究所、法学院等多个独立学院在内的综合型大学。除此之外，就如大部分的菲律宾大学一样，拥有高中及小学。菲律宾现任总统格洛丽亚•马卡帕加尔•阿罗约曾经就读该校，并在从政前担任过该校的助理教授。

雅典耀大学是菲律宾四大名校之一。与美国众多高校保持长年的学术交流，在海外享有盛誉。Ateneo的中文翻译名称众多，如:阿特尼奥、阿托雷歐、安德雷尔等。雅典耀是华人或讲华语的传教士普遍使用的名称。